Das Ministerium für Umwelt, Landwirtschaft, Natur- und Verbraucherschutz des Landes Nordrhein-Westfalen fördert die Biologische Station Kreis Paderborn - Senne im Rahmen der fachlichen Betreuung von Naturschutzgebieten.

Die Bezirksregierung Detmold ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Der Kreis Paderborn ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Die Stadt Bielefeld ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Der Kreis Gütersloh ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Der Kreis Lippe ist Partner ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Die NRW-Stiftung unterstützt Projekte für den Naturschutz und für Heimat- und Kulturpflege in Nordrhein-Westfalen. Im Naturschutz liegt ein Schwerpunkt im Erwerb schutzwürdiger Flächen, um gefährdeten Tieren und Pflanzen einen geeigneten Lebensraum auf Dauer zu erhalten.

Schwerpunkte in der Zusammenarbeit mit dem Amt für Umweltschutz und Grünflächen der Stadt Paderborn bilden fachliche Begleitung und Erfolgskontrolle von Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen, Streuobstwiesenschutz und Artenschutz.

Mit der Natur- und Umweltschutzakademie NRW arbeitet die Biologische Station bei der Qualifizierung von Natur- und Landschaftsführern und bei verschiedenen öffentlichen Veranstaltungen zusammen.

Die Stiftung Europäisches Naturerbe "EURONATUR" tritt in vielen Ländern Europas, des Nahen Ostens, Nordafrikas und anderen Kontinenten für die Bewahrung intakter Kultur- und Landschaften ein. Sie ist Partner der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in der Schutzgebietesbetreuung und bei der Durchführung verschiedener Naturschutzprojekte.

Der Zweckverband Naturpark Teutoburger Wald / Eggegebirge ist Träger des "Naturschutzgroßprojektes Senne". Die Biologische Station Kreis Paderborn - Senne arbeitet in diesem Förderprojekt eng mit dem Naturpark zusammen.

Die Paderborner Naturschule ist eine gemeinsame Plattform von Anbietern naturpädagogischer Veranstaltungen im Kreis Paderborn für Schulklassen, Kindergärten und Jugendgruppen.

Die Naturschutz-Stiftung Senne fördert Projekte für den Naturschutz in der Senne. Das Projekt Paderborner NaturSchule führen die Stiftung und die Biologische Station gemeinsam durch.

Die Stadtwerke Bielefeld fördern verschiedene Naturschutzprojekte im Arbeitsgebiet der Biologischen Station, so ist mit finanzieller Unterstützung der Stadtwerke Bielefeld bspw. das Senne-Portal (ein Internet-Informationsportal zur Senne) entstanden.

Die Gemeinschaft für Naturschutz ist ehem. Träger der Biologischen Station im Altkreis Büren. Sie arbeitet mit der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne in verschiedenen Naturschutzprojekten zusammen.

Die Touristikzentrale Paderborner Land e.V. arbeitet mit der Biologischen Station Kreis Paderborn - Senne an der Umsetzung verschiedener Naturschutzprojekte.

Senne Original fördert die Vermarktung regional erzeugter Produkte und setzt sich für hochwertige Qualität und kurze Transportwege ein. Nach den Qualitäts- und Regionalitätskriterien des Vereins werden z.Zt. Kartoffeln, Spargel, Erdbeeren, Fisch, Lamm, Wild und Eier erzeugt.

Die Biologische Station ist Einsatzstelle für das Freiwillige Ökologische Jahr (FÖJ). Die finanzielle Förderung für das FÖJ kommt vom Ministerium für Kinder, Familie, Flüchtlinge und Integration des Landes Nordrhein-Westfalen (MKFFI NRW). Direkter Ansprechpartner für die Biologische Station ist die FÖJ-Zentralstelle beim Landschaftsverband Westfalen-Lippe  in Münster.